Estas grutas formaram-se há 890 mil anos atrás, a partir de uma erupção vulcânica ocorrida no Paul da Serra que foi descendo até o mar. Assim, a parte exterior, exposta a temperaturas mais baixas, se solidificou rapidamente, enquanto o interior continuou a correr com muitos gases, formando uma série de tubos de lava, que hoje constituem as grutas de São Vicente.