Muito antes de ser comissário, o novato detetive James Gordon enfrenta o submundo do crime e corrupção de Gotham City para vingar a morte dos pais de Bruce Wayne, ainda longe de se tornar Batman
A terceira temporada desta série baseada nos personagens da DC Comics começa seis meses após os acontecimentos que marcaram o final da segunda temporada. Com os fugitivos da Indian Hill à solta, Jim Gordon (Ben McKenzie) decide tornar-se caçador de recompensas. Mas será que ele vai encontrar o mestre demente Hugo Strange (B.D. Wong) e a sua pupila perturbada Fish Mooney (Jada Pinkett Smith)?
Bullock (Donal Logue) e Barnes (Michael Chiklis) tentam manter a linha de frente no crime contra os crescentes Super-Vilões Oswald Cobblepot / Penguin (Robin Lord Taylor), Edward Nygma / Riddler (Cory Michael Smith), a futura Poison Ivy (Maggie Geha) e Jervis Tetch, também conhecido como Mad Hatter (Benedict Samuel).
Entretanto, o jovem Bruce Wayne (David Mazouz) descobre ainda mais segredos por trás do assassinato dos seus pais, enquanto tenta confrontar a infame organização criminosa conhecida por Court of Owls.
No primeiro episódio:
O hipnotizador, Jervis Tetch, também conhecido como Mad Hatter, chega a Gotham para procurar a irmã, Alice, e contrata Gonzalez para o ajudar. Entretanto, Penguin decide concorrer à presidência e o sósia de Bruce começa a ocupar o seu lugar, causando confusão na cidade. Penguin ganha poder à medida que vai conquistando votos. A sua eleição é quase certa. Bruce Wayne descobre que estava a ser alvo da ação de um sósia, que está a causar grandes perturbações na cidade. Bruce pede ajuda a Alfred para impedir a ação deste.
